Σήμερα οι μικροοργανισμοί βρίσκονται στο επίκεντρο της βιοτεχνολογίας, δηλαδή της χρήσης βιολογικών συστημάτων για παραγωγή χρήσιμων προϊόντων ή υπηρεσιών. Οι εφαρμογές της Μικροβιολογίας στη βιομηχανία, το περιβάλλον, τη γεωργία και την παραγωγή ανανεώσιμης ενέργειας είναι πάρα πολλές και διαρκώς αυξανόμενες.