Το Επιχείρηση ΑΝΤΙ-ΛΟΓΟΣ ξεκινά με τον Ρένο να μη θυμάται τίποτα για το ΛΟΓΟΣ-L1 και τα όσα είχαν συμβεί στο πρώτο βιβλίο. Η χώρα βρίσκεται σε εμπόλεμη κατάσταση. Όταν από το μεγάφωνο που έχουν στερεώσει στο καμπαναριό της εκκλησίας ηχεί συναγερμός έκτακτης ανάγκης, ο Ρένος καβαλά το υβριδικό του ποδήλατο και με άλλους κατοίκους της πόλης βρίσκει καταφύγιο στον υπόγειο δημοτικό χώρο στάθμευσης. Η κυρία Δέσπω κουβαλά εκεί μια βαλίτσα που έχει μετατρέψει σε κινητή βιβλιοθήκη, αφού η κανονική βιβλιοθήκη, όπως και το σχολείο, είναι κλειστά. Ο Ρένος απομονώνεται και διαβάζει τα βιβλία της κυρίας Δέσπως σε μια γωνιά του καταφύγιου, πίσω από το απενεργοποιημένο ασανσέρ. Καθώς διαβάζει, κάποιος ρίχνει μπροστά του ένα μυστηριώδες μπλε βιβλίο και εξαφανίζεται προτού προλάβει να δει ποιος είναι. Στη συνέχεια, η υπόθεση εκτυλίσσεται με ιλιγγιώδεις ρυθμούς, αφού ο Ρένος και οι φίλοι του ρίχνονται σε μια μάχη ενάντια στον χρόνο, για να λύσουν το μυστήριο, να θέσουν σε εφαρμογή την επιχείρηση ΑΝΤΙ-ΛΟΓΟΣ και να σώσουν όσους και όσα αγαπούν.